Tiga kegelapan yang di alami oleh Nabi Yunus a.s. iaitu:
1. kegelapan di dalam perut ikan, 2. kegelapan di dasar lautan, dan 3. kegelapan malam.
Nabi Yunus a.s. merasakan bahawa dirinya telah mati. Baginda mencoba menggerakkan panca inderanya dan anggota tubuhnya masih bergerak. Kalau begitu, baginda masih hidup. Baginda terpenjara dalam tiga kegelapan.
Nabi Yunus a.s. mulai menangis dan bertasbih kepada Allah SWT. Baginda mulai melakukan perjalanan menuju Allah saat baginda terpenjara di dalam tiga kegelapan. Hatinya mulai bergerak untuk bertasbih kepada Allah, dan lisannya pun mulai mengikutinya. Baginda mengatakan:
" Laailahailaanta subhanainni kuntum minazzalimin"
(Tidak ada tuhan selain Engkau, Maha Suci Engkau. Sungguh aku termasuk orang-orang yang zalim.)
Ketika terpenjara di perut ikan, baginda tetap bertasbih kepada Allah SWT. Ikan itu sendiri berenang cukup jauh. Kemudian ikan itu tertidur di dasar lautan. Sementara itu, Nabi Yunus a.s masih bertasbih kepada Allah SWT. Baginda tidak henti-hentinya bertasbih dan menangis. Baginda tidak makan, tidak minum, dan tidak bergerak. Baginda berpuasa dan berbuka dengan tasbih.
Ikan-ikan yang lain dan tumbuh-tumbuhan dan semua makhluk yang hidup di dasar lautan mendengar tasbih Nabi Yunus. Tasbih itu berasal dari perut ikan paus ini. Kemudian semua makhluk-makhluk itu berkumpul di sekitar ikan paus itu dan mereka pun ikut bertasbih kepada Allah SWT. Setiap dari mereka bertasbih dengan caranya dan bahasanya sendiri.
Ikan paus yang memakan Nabi Yunus itu terbangun dan mendengar suara-suara tasbih begitu riuh dan gemuruh. Ia menyaksikan di dasar lautan terjadi suatu perayaan besar yang dihadiri oleh ikan-ikan dan hewan-hewan lainya, bahkan batu-batuan dan pasir semuanya bertasbih kepada Allah SWT dan ia pun tidak ketinggalan ikut serta bersama mereka bertasbih kepada Allah SWT. Dan ia mulai menyadari bahawa ia sedang menelan seorang Nabi.
Allah SWT melihat ketulusan taubat Nabi Yunus a.s. Allah SWT mendengar tasbihnya di dalam perut ikan. Kemudian Allah SWT menurunkan perintah kepada ikan itu agar mengeluarkan Yunus a.s. ke permukaan laut dan membuangnya di suatu pulau yang ditentukan oleh Allah SWT.
Ikan itu pun mentaati perintah Ilahi. Tubuh Nabi Yunus a.s. merasakan kepanasan di perut ikan. Baginda sedang sakit tenat, lalu matahari bersinar dan menyentuh badannya yang kepanasan itu. Kemudian Allah SWT menumbuhkan pohon Yaqthin (jenis labu), iaitu pohon yang daun-daunnya lebar yang dapat melindungi dari sinar matahari. Dan Allah SWT menyembuhkannya dan mengampuninya. Allah SWT memberitahunya bahawa kalau bukan kerana tasbih yang diucapkannya nescaya ia akan tetap tinggal di perut ikan sampai hari kiamat.
Allah SWT berfirman maksudnya : “Sesungguhnya Yunus beriar-benar salah seorang rasul. (Ingatlah) ketika ia lari ke kapal yang penuh muatan, kemudian ia ikut undi lalu dia termasuk orang-orang yang kalah dalam undian. Maka ia ditelan oleh ikan besar dalam keadaan tercela. Maka kalau sekiranya ia tidak termasuk orang-orang yang banyak mengingat Allah, nescaya ia akan tetap tinggal di perut ikan itu sampai hari berbangkit. Kemudian Kami lemparkan dia ke daerah yang tandus, sedang ia dalam keadaan sakit. Dan kami tumbuhkan untuk dia sebatang pohon dari jenis labu. Dan Kami utus dia kepada seratus ribu orang atau lebih. Lalu mereka beriman, kerena itu Kami anugerahkan kenikmatan hidup kepada mereka hingga waktu yang tertentu.” (Surah as-Saffat ayat 139-148)
Firman-Nya lagi yang bermaksud : “Dan (ingatlah kisah) Zun Nun (Yunus), ketika ia pergi dalam keadaan marah, lalu ia menyangka bahwa Kami tidak akan mempersempitnya (menyulitkannya) maka ia menyeru dalam keadaan yang sangat gelap: ‘ Tidak ada tuhan selain Engkau, Maha Suci Engkau. Sungguh aku termasuk orang-orang yang zalim. Maka Kami kabulkan (doanya) dan Kami menyelamatkan orang-orang yang beriman." (Surah al-Anbiya’ ayat 87-88)
Kita sekarang ingin membahas masalah yang menurut ulama disebut sebagai dosa Nabi Yunus. Apakah Nabi Yunus melakukan suatu dosa dalam pengertian yang hakiki, dan apakah para nabi memang berdosa? Jawabannya adalah: Para nabi adalah orang-orang yang maksum tetapi kemaksuman ini tidak bererti bahawa mereka tidak melakukan sesuatu yang menurut Allah SWT itu adalah satu kelemahan yang perlu hukuman sebagai pengajaran bukan kerana Allah SWT murka.
Nabi Yunus adalah seorang Nabi yang diutus oleh Allah SWT kepada mereka. Seharusnya ia menyampaikan dakwah di jalan Allah SWT dan ia tidak peduli dengan hasil dakwahnya. Tugas baginda hanya sekadar menyampaikan agama. Keluarnya baginda dari kampung halaman kaumnya dalam keadaan mereka kufur adalah dilarang melainkan mendapat wahyu daripada Allah SWT seperti Nabi Luth a.s. di arahkan keluar daripada kampung halamannya kerana Allah SWT ingin membinasakannya.
Allah SWT memberikan suatu pelajaran kepada Yunus dalam hal dakwah di jalan-Nya. Allah SWT mengutusnya hanya untuk berdakwah. Inilah batasan dakwahnya dan baginda tidak perlu bimbang jika mereka tidak beriman dan tidak patut marah kepada mereka kerana petunjuk dan hidayah adalah hak mutlak Allah SWT.
Allah SWT berfirman maksudnya : “Dan mengapa tidak ada penduduk suatu kota yang beriman, lalu imannya itu bermanfaat kepadanya selain kaum Yunus? Tatkala mereka (kaum Yunus itu) beriman, Kami hilangkan dari mereka azab yang menghinakan dalam kehidupan dunia, dan Kami beri kesenangan kepada mereka sampai waktu yang tertentu.”